赤崁樓歷經三百多年之變化，樓房之增修次數頗多，然其於台南市所辦扮演之角色，卻一直是十分重要，除了是國內遊客到台南的必遊勝地之外，近來也是大陸客指定一遊的台灣著名風景區之一。

整個園區雖不大，但是保存良好，古色古香的建築讓整個歷史的感覺浮現，雖然整修多次，原有的木造結構不復見，但依舊沒失去那原來的閩南式閣樓樣貌。

原有的荷蘭時期之城堡只遺留西面之門及東北角隻殘蹟二處，從其中，可以清楚的看到磚材之疊砌，這些磚材來證實來自於印尼爪哇島，並以糯米汁、糖漿、砂與牡蠣殼之混合物為灰漿。

位於西面的蓬壺書院當年為極具規模的書院。 幾經滄桑後，因地震多半倒塌，如今整座書院僅剩門廳供人憑弔。門廳為典型閩南建築形式， 兩邊間的綠釉花窗搭配「斗子砌」的紅磚牆，顯得極為古雅。

環繞著赤崁樓旁，有可見到許多石碑立於狀似石龜之贔屭上，其為九龍生子之一，生好負重，然由於其貌與龜無異，一般 人均稱之為〔龜碑〕。

南面基牆則砌以歷代石碑甚多，西面庭園中原本佈滿石馬、石陀與技勇石等歷史文物，但是多已損毀，近觀可見到整修的痕跡。蓬壺書院之門廳是該書院留存較具原貌之清代建築，面向西面，裝修簡樸，可順便一覽。